Eu tenho um problema semelhante. Meu desktop Ubuntu está em uma VPN e minha conexão SSH normal não funciona fora da rede doméstica.
Algo que eu acabei de pensar, no entanto. Você ainda tem as portas encaminhadas para esse computador?
A VPN atribui um novo endereço IP do site VPN para que o roteador não consiga mais encontrar esse endereço IP para se conectar.
Eu diria que você precisaria conhecer o novo endereço IP atribuído pelo host da VPN para saber para qual endereço se conectar.
Eu só estou dando palpites educados, correção não conhecida; então por favor não me abuse se não funcionar. :)
Em investigações posteriores, descobri que você precisa encaminhar as portas através de sua VPN (eu acho) porque a VPN está redirecionando a porta 80 e seus túneis SSH geralmente usam a porta 22. Eu acho que você precisa encaminhar a porta 22 através de sua VPN de modo que quando você se conecta à sua vpn na porta 80, ele redireciona você para a porta encaminhada exigida pelo seu túnel SSH, ou seja. POTTY.
Ainda não tenho 100% de certeza de como fazer isso. Se alguém puder confirmar isso, seria ótimo.