O que há em seu ~/.inputrc e /etc/inputrc ? O mínimo para que essas chaves funcionem é, eu acho:
# mappings for Ctrl-left-arrow and Ctrl-right-arrow for word moving
"\e[1;5C": forward-word
"\e[1;5D": backward-word
"\e[5C": forward-word
"\e[5D": backward-word
"\e\e[C": forward-word
"\e\e[D": backward-word
Se você tiver esses em /etc/inputrc , o arquivo precisará ser incluído em ~/.inputrc , portanto, verifique se ele possui a seguinte linha:
$include /etc/inputrc