Não, o comando ls não funciona de maneira diferente nas edições do servidor do Ubuntu.
O que faz funcionar de forma diferente é que, por padrão, a criação de usuário nas inclusões de servidor não inclui o preenchimento do diretório inicial do novo usuário com pastas como Desktop (porque não há uma) , Pictures e assim por diante. Portanto, ls está simplesmente informando que atualmente não há arquivos ou diretórios comuns (não ocultos) em seu diretório inicial. Se você quiser ver arquivos e diretórios ocultos -A ou -a flags, por exemplo.
ls -A
Veja man ls
-a, --all
do not ignore entries starting with .
-A, --almost-all
do not list implied . and ..