Eu vejo várias opções.
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Configure seu programa para usar o proxy. Os detalhes sobre como fazer isso diferem de programa para programa. Infelizmente, você não menciona qual programa deseja usar o proxy.
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Defina a variável de ambiente
https_proxy
para o seu programa, esperando que ela seja respeitada. -
Força-o de forma transparente a usar seu proxy usando o link , tsocks , ou proxychains , dependendo do tipo de proxy que você deseja usar. Infelizmente, você não menciona o tipo de proxy que você deseja usar.
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Force a sua aplicação a usar seu proxy usando o iptables. Há uma descrição de como conseguir isso em TLDP . Há também uma pergunta aqui . Você pode encontrar mitmproxy uma configuração mais fácil de manter.