Não faz sentido não usar a RAM disponível. O Linux usa RAM que não é usada por aplicativos, por exemplo como cache de disco para acelerar o acesso ao disco. Se mais RAM para aplicativos for necessária, o Linux reduz o cache de disco adequadamente.
Na saída de free
, a linha que começa com -/+ buffers/cache
informa a quantidade de RAM que pode / pode ser usada pelos aplicativos.
No seu exemplo, 1.0G (de 3.9G disponível) é usado por aplicativos, e 2.9G ainda estão disponíveis. 1.3G são usados para cache e coisas semelhantes e serão liberados se necessário.