Ok. Resolvi o mistério sozinho. Está relacionado com a suspensão automática do USB. Parece começar muito cedo e as interfaces de usuário não ativam o dispositivo adequadamente, apenas a scanimage faz isso.
Eu uso o TLP para controlar configurações de economia de energia. Então, eu obtive o ID do dispositivo usando lsusb
e adicionei-o à linha USB_BLACKLIST
do arquivo de configuração tlp encontrado em /etc/default/tlp
. Funciona como esperado agora.
Demorei minhas 10 horas para descobrir, porque casos semelhantes sempre tiveram motivos diferentes ou ficaram sem resposta.
Provavelmente, existe uma maneira diferente de colocar o dispositivo na lista negra. O TLP foi o mais conveniente para mim.