Eu consegui que funcione corretamente agora. Veja como criar seu próprio sistema AIO Windows / Linux personalizado:
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Faça o download YUMI e EasyBCD . (você não precisa se registrar para baixar apenas o download push)
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Use o YUMI para instalar a configuração do Windows na mídia.
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Exclua todas as pastas do disco de instalação do Windows.
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Use o EasyBCD para instalar o BCD na mídia.
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Configure o gerenciador de inicialização do Windows com o EasyBCD. E.G. Adicione o Windows PE ao menu
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Use o YUMI para adicionar todas as distribuições e ferramentas do Linux que você quiser (ele irá configurar o YUMI para inicializar primeiro na unidade)
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Você pode fazer todas as configurações personalizadas com os arquivos que o YUMI criou. E.G. Substituindo texto e um logotipo personalizado
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(Opcional) No EasyBCD, adicione uma opção para inicializar (linux) a partir do thumbdrive. E.G. Volte para o menu linux
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(Opcional) Renomeie o pendrive e adicione um arquivo de execução automática para personalização adicional.
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Remova a unidade flash e inicialize a partir dela (mantenha-a ativa se você estiver tentando inicializar a partir dela no mesmo computador.
Aproveite!