No sistema de empacotamento do Ubuntu, os pacotes libXXX geralmente contêm apenas as bibliotecas de tempo de execução necessárias para executar aplicativos que vinculam dinamicamente a biblioteca.
Para obter as bibliotecas e os arquivos de cabeçalho necessários para compilação e construção, normalmente há um pacote libXXX-dev ( -dev indicando que os pacotes são para desenvolvimento ). Você pode verificar quais pacotes de desenvolvimento estão disponíveis para uma determinada biblioteca usando o mecanismo de pesquisa apt-cache , por exemplo,
apt-cache search devel | grep libxml2
No seu caso, provavelmente você está perdendo o pacote libxml2-dev .