Tem a ver com variável ambiental e como você se torna root ( sudo , sudo -i , sudo -s , e faça o login via console e ssh). Você não especificou na sua pergunta como você logou como root.
Veja:
Solução (IMO): Copie a .bashrc que você deseja usar para a raiz no diretório /root e use o comando sudo -i para fazer o login como root.