Tem a ver com variável ambiental e como você se torna root ( sudo
, sudo -i
, sudo -s
, e faça o login via console e ssh). Você não especificou na sua pergunta como você logou como root.
Veja:
Solução (IMO): Copie a .bashrc
que você deseja usar para a raiz no diretório /root
e use o comando sudo -i
para fazer o login como root.