O VirtualBox simula um computador completo para o SO que está sendo executado. Ele usa um disco sólido virtual (o que você chamou de 25GB VM), que é salvo em um arquivo no seu disco real.
O Apagar disco e instalar o Ubuntu refere-se ao seu disco virtual, portanto, o Mac OS não será afetado de forma alguma. O Ubuntu será instalado neste disco virtual e não terá a possibilidade de saber o que está acontecendo "fora" - a menos que você use alguns recursos de interação, como pastas compartilhadas.
Este é exatamente o propósito de uma máquina virtual: usar qualquer sistema operacional sem afetar o "host", o SO que está sendo executado nativamente em seu computador.