Eles são completamente separados e outros, então, "criptografia", não têm nada em comum.
O LUKS / LVM criptografa tudo, menos o / boot.
ecrãs ou um encriptado / home encrytps / home / your_user name
Com o LUKS, tudo é descriptografado quando você inicializa, / swap, / home, /, etc. É claro que você pode configurá-lo diferentemente, mas é assim que os padrões funcionam.
Com os ecrypts, o diretório inicial é descriptografado quando você faz login. Você usaria isso se precisasse criptografar seus dados pessoais em / home / separado do sistema.
Veja link e Ao instalar eu tenho a opção de criptografar minha pasta pessoal - o que isso faz?