Você instalou também as bibliotecas de SDL desenvolvimento (que terminam com -dev ), como libsdl1.2-dev ?
OK, então a resposta é "sim". Agora. A maneira correta de usar a configuração do SDL é usar a saída do comando sdl-config --cflags --libs . Isso fornecerá os sinalizadores necessários para o compilador. Execute este comando e veja quais são os flags.
O próximo passo, eu acho, é mais difícil: você precisa ver o Makefile e ver se os flags estão lá, e se não, onde adicioná-los.
Eu baixei o programa e olhei para o Makefile: é bem simples. Basta adicionar os sinalizadores --libs à linha que começa com LDFLAGS e o --cflags para a linha que começa com CFLAGS .