Na verdade, uma VM inteira apenas para o Skype seria uma boa sandbox.
A maior sandbox que você pode obter é usar outro computador.
Se você não quiser usar nenhum dos métodos mencionados, ainda terá outra opção, mas eu não a chamarei de "sandbox", mesmo que seja uma boa etapa de segurança.
Se você estiver executando uma conta de administrador, considere executá-la em um usuário menos privilegiado diferente do seu. Por exemplo, se você criar o usuário foo , poderá iniciar o Skype fazendo:
sudo -u foo -H skype
Por padrão, o usuário foo não tem acesso ao display X. Para adicioná-lo, execute:
xhost +SI:localuser:foo
Você pode aprender mais sobre isso e muito mais em este artigo excelente de Mike Cardwell.
No entanto, tudo se resume ao seu nível de pânico.