Adicione ao VirtualHost:
<VirtualHost *:80>
AccessFileName .htaccess (.htaccess is the default filename)
...
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks Includes
AllowOverride All
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
...
</VirtualHost>
reinicie o apache:
service apache2 restart
Para verificar se funciona, adicione esta linha ao .htaccess:
ErrorDocument 404 /error404.html
para o erro 404 (página não encontrada), seu navegador deve abrir sua página de erro personalizada, neste caso error404.html