"Então, o que devo fazer para levantar todas as janelas?"
Presumivelmente, você quer dizer todas as janelas conky?
Como wmctrl não está fazendo o que você quer especificando o nome da janela, você deve usar o método mais exato de especificar o id da janela.
Para obter a lista de IDs de janela,
wmctrl -l
Portanto, supondo que suas janelas tenham superconcurso no título, para extrair apenas os ids de janela dessa lista
windowid_list="'wmctrl -l | sed -ne 's|^\([^ ]*\).*superconky.*||p''"
Em seguida, processe a lista
if [ -n "${windowid_list}" ]
then
for windowid in ${windowid_list}
do
wmctrl -i -a "${windowid}"
done
fi
Observe que o sinalizador "-i" para indicar um windowid numérico deve ser especificado antes do sinalizador de ação ("-a", "-R", ou o que quer que seja) ou nada acontece.
Tenha também em atenção que "-a" aumenta e foca a janela e que apenas uma janela pode ser focada de cada vez.
Além disso, se a segunda janela superconcorrida estiver diretamente abaixo da primeira, quando a segunda estiver levantada, ela obscurecerá a primeira.