Quando você instala dois softwares com o mesmo nome em dois diretórios diferentes, um no diretório / usr é chamado.
Se ambos estiverem instalados em lugares diferentes de usr, o primeiro localizado é usado (é o que eu acho)
No seu caso, você deve alterar o nome de qualquer pacote no bashrc, por exemplo, para NS2, que apontará para um dos aplicativos que você irá compilar. O outro será apontado por NS. Isso resolverá seu problema.