Para limpar os cookies do terminal, você pode usar o seguinte comando:
rm ~/.mozilla/firefox/*.default/cookies.sqlite
Para limpar todo o cache, você pode usar:
rm ~/.mozilla/firefox/*.default/*.sqlite ~/.mozilla/firefox/*default/sessionstore.js
rm -r ~/.cache/mozilla/firefox/*.default/*
Mas, melhor você pode fazer um backup desses arquivos se quiser restaurá-los por último:
mkdir -p ~/.mozilla/firefox/backup ~/.cache/mozilla/firefox/backup
mv ~/.mozilla/firefox/*.default/*.sqlite ~/.mozilla/firefox/backup
mv ~/.mozilla/firefox/*.default/sessionstore.js ~/.mozilla/firefox/backup
mv ~/.cache/mozilla/firefox/*.default/* ~/.cache/mozilla/firefox/backup