Bem, você pode sobrescrever todos os setores com zero, se tiver certeza absoluta de que não deseja mais dados fora da unidade ...
dd if=/dev/zero of=/dev/sdx
(onde x é a letra da sua unidade, veja lsblk
ou fdisk -l
para ter certeza PRIMEIRO)
E provavelmente adicionar bs=1M
ou bs=5M
pode ajudar também, ler / escrever em blocos de 1 MB ou 5 MB, deve ser ok para o disco rígido, um pouco (talvez muito) mais rápido no caso de padrão um tamanho de bloco de 512 bytes