Para uma instalação completa do Ubuntu 12.04 e acima, o espaço mínimo em disco recomendado é de 5 GB.
A velocidade final depende da marca e do modelo da unidade flash. Algumas unidades flash USB3 são mais rápidas que outras.
Sua solução faz sentido para mim. Seu laptop deve vê-lo apenas como outra unidade.
Provavelmente, é uma boa ideia criptografar a unidade e a pasta pessoal, pois as unidades flash podem ser facilmente perdidas.