Para ter o ícone do obturador na sua bandeja toda vez que você fizer login, você deverá adicioná-lo aos seus aplicativos de inicialização.
Como você provavelmente não quer ver a janela toda vez que fizer login, adicione --min_at_startup
à chamada.
Inicie o programa 'Startup Applications', clique em 'Add', digite um nome e uma descrição de sua escolha na caixa de diálogo. Então, como comando, digite:
/usr/bin/shutter --min_at_startup
e clique no botão "Adicionar" da caixa de diálogo. Depois de sair e entrar novamente, o ícone do obturador deve estar na sua bandeja.