Eu uso o Quantum GIS, é um excelente pacote GIS promissor, tem uma interface gráfica muito boa baseada no Qt, ele pode atuar como uma interface para as ferramentas veneráveis do GRASS GIS também.
SAGA GIS que parece um bom segundo para o Quantum GIS está disponível nos repositórios. Não se esqueça do Google Earth , mesmo que não seja de código aberto e tenha algumas limitações em comparação com um pacote GIS especializado. pode ser uma ferramenta muito útil para alguns dos seus trabalhos em GIS.
Um conjunto útil de ferramentas de linha de comando para usar no mapeamento e em alguns trabalhos do GIS são as GMT . Os Biblioteca de Abstração de Dados Geoespaciais são um programa obrigatório, você pode obtê-los instalando o gdal-bin a partir dos repositórios.