Eu tive dois problemas distintos:
- Este disco em particular (western digital caviar blue 1tb) usa um tamanho de bloco diferente, e o utilitário de disco estava adicionando o deslocamento errado no início da partição. Então eu instalei o gparted, criei a partição com ele (eu usei o NTFS por sinal), e funcionou bem.
- O Windows não se instalará a menos que a partição de destino esteja em um disco que esteja configurado para inicializar primeiro, e também não informará o motivo.
Agora, só preciso adicionar o Windows ao grub para poder usar o sistema operacional.