Existe uma API para o aNobii e aqui é um software que usa essa API.
Mas isso é sobre isso ... para usar isso no Ubuntu você ainda precisa de um script / GUI e eu não encontrei nada, mas isso. Então a resposta por enquanto é: Não.
Outra abordagem para livros sem um e: aNobii pode usar o código de barras no verso de um livro. Portanto, pegue um leitor de código de barras, conecte-o ao seu sistema e digitalize os livros enquanto estiver no site. Claro que você também pode fazer isso com o seu telefone, mas isso está fora do tópico, a menos que seja um telefone Ubuntu: +)