Adicione os zeros ao imprimi-lo.
#!/usr/bin/env bash
s=0
until ((++s == 60 )); do
printf '%02d\n' "$s"
done
Os números com zeros à esquerda serão tratados como octal, portanto valores como 08 e 09 falharão. Portanto, é melhor operar os números sem os zeros à esquerda e apenas adicionar os zeros à esquerda quando você precisar imprimi-los.
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