Eu resolvi da seguinte forma:
Ctrl + Alt + F1 para chegar ao console
sudo apt-get remove ubuntu-desktop
sudo apt-get install ubuntu-desktop
Isso consertou a área de trabalho, mas não o traço vazio.
Eu instalei o unity-scope-home e o unity-lens-shopping (parece que com o 13.10 unity-lens-shopping não deve mais ser removido)
sudo apt-get install unity-scope-home
sudo apt-get install unity-lens-shopping
Então eu estava executando o seguinte comando para desativar o spyware:
gsettings set com.canonical.Unity.Lenses disabled-scopes "['more_suggestions- amazon.scope', 'more_suggestions-u1ms.scope', 'more_suggestions-populartracks.scope', 'music-musicstore.scope', 'more_suggestions-ebay.scope', 'more_suggestions-ubuntushop.scope', 'more_suggestions-skimlinks.scope']"
Desativei todos os filtros no painel do Unity e só saí de Aplicativos e arquivos locais. Eu verifiquei com iftop se há conexões de saída quando eu procuro, mas não houve nenhuma. Então, as conexões com provedores de terceiros foram removidas, o que eu queria.