Qualquer disco rígido USB recente implementará a classe Dispositivo de armazenamento em massa USB , que é compatível com a caixa no Ubuntu. (Esse suporte está no próprio kernel Linux da v2.4, portanto, qualquer distribuição da última década suportará isso.)
Se você quiser ler e gravar arquivos no mesmo sistema de arquivos, tanto no Windows quanto no Linux, você deve formatá-lo como NTFS.