Eu não sou um desenvolvedor, mas sei que o Ubuntu suporta OpenGL, Adobe Flash Player e HTML5. O Ubuntu não suporta o Adobe Shockwave, pois a Adobe não se preocupa em criar um pacote para o Linux.
Minha opinião seria usar o OpenGL, já que normalmente ele tem bom desempenho com o Ubuntu. Você provavelmente já sabe que o Flash é limitado, com problemas e tem problemas de desempenho. Não tenho certeza sobre o HTML5, já que ele ainda não se tornou mainstream, mas espero que ele ultrapasse o Flash.
Espero que isso lhe dê uma ideia sobre o que fazer.