Isso não afeta o seu sistema de inicialização , porque isso só irá criptografar a partição do Ubuntu . Não irá criptografar as partições boot ou Windows .
Assim, você pode instalar o Ubuntu ao lado do Windows ou como um sistema operacional exclusivo, sem qualquer problema.
Você não precisa remover nenhum sistema operacional. Se você tiver espaço livre suficiente em seu disco, então está pronto!
Para o Ubuntu 12.10:
Este recurso pode ser ativado usando qualquer Live Edition ( LiveUSB , LiveCD , LiveDVD ).
Durante a instalação do Ubuntu, na etapa Tipo de Instalação , você verá uma janela semelhante como esta:
Você tem que ativar a opção Criptografar a nova instalação do Ubuntu para Segurança . Então o Ubuntu escolherá o tipo de criptografia automaticamente.
Para o Ubuntu 12.04 e anteriores:
Você precisa usar o CD alternativo do Ubuntu. Você pode fazer o download desta seção selecionando a versão em versão antiga ou liberar páginas. Siga as instruções mencionadas em esta questão .