O VirtualBox é uma boa solução para ter acesso ocasional ao Windows ou para executar rapidamente um aplicativo do Windows sem precisar reinicializar. Também é uma boa solução sempre que você precisar compartilhar rapidamente seus dados de um Windows e de um aplicativo do Ubuntu.
Mas há algumas desvantagens de uma máquina virtual. Como é verdade que o desempenho de meros aplicativos de processamento de dados ou editores será mais que suficiente, dadas as especificações de sua máquina, isso não é verdadeiro para aplicações gráficas intensas.
Não tenho experiência em quanto as ferramentas de desenvolvimento em Flash usam sua placa gráfica, mas suspeito que elas fazem muito. Nesse caso, você pode não estar feliz com o desempenho um pouco lento em uma máquina virtual. Pode ser bom o suficiente para testes, mas provavelmente não para desenvolvimento de aplicativos, onde também é fundamental não apresentar erros do ambiente de virtualização.
Portanto, eu iria para uma configuração de inicialização dupla onde você inicializa o Windows para desenvolvimento e o Ubuntu para segurança.
Mas posso estar errado, pode ser que o VirtualBox tenha um bom desempenho para você e em sua máquina individual. Você precisa testar isso, realmente. Intall Ubuntu como dual-boot com o seu Windows já presumivelmente pré-instalado. Não é muito difícil também instalar o Virtual Box para executar o Windows no Ubuntu 1 . Caso você esteja satisfeito com o desempenho, deixe o Windows parado lá para uma inicialização ocasional ou remova-o depois.
1 Observe que, para executar um Windows adicional no Virtual Box, você precisará de uma licença própria separada.