Se você instalar o Ubuntu, seus dados em / home serão preservados, partição separada ou não.
Desde o Hardy, é possível reinstalar o Ubuntu sem perder o conteúdo da pasta / home (a pasta que contém as configurações do programa, favoritos da Internet, e-mails e todos os seus documentos, músicas, vídeos e outros arquivos do usuário). Isso pode ser feito mesmo que / home não esteja em uma partição separada.
Se você instalar outra distro, Fedora, Mint, Debian, você perderá seus dados em / home se não estiver em uma partição separada.
De qualquer forma, se você valoriza seus dados, faça o backup.
Você pode, claro, excluir tudo o que estiver fora de / home, diminuir a partição e usá-la como um novo lar.
Pessoalmente, eu dou a cada distro um diretório / home exclusivo e uso uma partição de dados.