Você pode tentar editar o arquivo .desktop com o Leafpad. Se você não pode abri-lo clicando no segundo botão do mouse, você pode tentar no terminal.
Um exemplo de um atalho que lança um script de shell, visualizado aqui: link
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Nix
Comment=RunNixNote
Icon=/home/username/.extra-icons/Nevernote-164x308.png
Exec=sh /usr/share/nixnote/nixnote.sh
Terminal=false
Type=Application