Na versão atual do gnome-terminal, não é possível alterar o plano de fundo e a cor ao iniciar um novo terminal
Costumava estar com estas opções: --background <color>
e --foreground <color>
Agora você pode iniciar seu terminal especificando o perfil:
gnome-terminal --window-with-profile <your profile>
Você também pode editar o perfil atual usando o gconftool. por exemplo, para editar cores do perfil padrão:
gconftool-2 --set "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/foreground_color" --type string "#EEEEEEEEECEC"
gconftool-2 --set "/apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_color" --type string "#000000000000"