Estou um pouco atrasado para a festa, mas achei que minha experiência poderia ser útil.
Eu tenho um Dell Precision M4800 que veio com um SSD mSATA de 32GB originalmente e agora tem um SSD de 256GB mSATA. Eu tenho meu Samsung 830 Pro 256GB de tamanho completo na baia de 2,5 "e um disco de 1TB no compartimento óptico através de um adaptador. Todos são SATA 6G. Instalei originalmente o Win8 e o Debian no SSD de 2,5" e usei o completo de 32GB mSATA para armazenar em cache o HDD de 1 TB, já que é bastante lento e eu mantenho um monte de VMs VMware lá. O SRT funcionou tanto no Linux quanto no Windows, já que é uma operação de hardware / firmware, verifiquei que o disco de 1 TB foi acelerado mesmo quando eu estava no Linux. O SSD de 32GB desapareceu completamente quando o SRT foi ativado. Muito bem feito, Intel.
Recentemente eu troquei os 32GB por 256GB. Foi muito simples e indolor. Eu inicializei o Windows, desativei o Smart Response, deixei resolver, encerrei e fiz a troca física. Após inicializar o Windows novamente, eu habilitei o SRT novamente e deixei usar o máximo de 64 GB. Eu disse ao SRT para deixar os outros 192GB disponíveis para uso, planejando mover minha instalação do Debian para lá, e expandir a partição do Windows, dando mais espaço a todos.
Depois que o SRT preencheu o cache e eu reiniciei uma ou duas vezes, inicializei minha instalação Debian. O disco de 1TB é ainda mais rápido do que antes, é ótimo ter um grande cache SSD para o meu disco de dados em massa, já que é 5400rpm e bastante lento. Eu disparei com o gparted para particionar o SSD mSATA restante e os problemas começaram. Parece que o gparted pode ver toda a área do disco, incluindo o cache, por isso observou alguns "problemas" com o meu layout GPT e ofereceu-se para corrigi-los para mim. Eu deixei, então percebi o que tinha acontecido e reiniciei o Windows. SRT offline! Cache SSD quebrado! D'oh!
Booted Debian, totalmente zerado com o SSD, inicializou o Windows, configurou o SRT novamente (achando que os "erros" da GPT eram um GPT antigo antes de habilitar o SRT). Mesmos resultados, o gparted acha que meu SSD está mal particionado. Agora vou fazer uma partição no espaço não utilizado enquanto estiver no Windows e ver se consigo apenas editar / substituir isso sem interromper o SRT.
Tudo isso de lado, o OP é de inicialização única, portanto, usar uma solução mais específica do Linux provavelmente é uma boa ideia. Você pode colocar sua instalação básica no SSD com diretórios pessoais e dados volumosos no HDD, e isso deve proporcionar um bom equilíbrio de velocidade e simplicidade.