O seguinte não é adequado como uma solução de backup para o Ubuntu
Para salvar arquivos para importar para um sistema operacional Windows, o mais fácil seria simplesmente formatar a unidade externa com FAT32 ou NTFS e copiar seus arquivos para lá. Por isso, todos os arquivos e suas árvores estarão acessíveis em qualquer computador com Windows.
No entanto, com este método, você perderá todas as permissões de arquivo do Ubuntu. Portanto, não é aconselhável copiar esses arquivos de volta para o Ubuntu, é mais uma solução unidirecional para compartilhar arquivos do Ubuntu, mas não do Windowsb de volta para Ubuntu.
Caso você precise manter suas permissões de arquivo, terá que formatar sua unidade externa com, por exemplo, ext4, e instalar software no computador Windows para ler um sistema de arquivos do Ubuntu: