Para quem procura no futuro esse mesmo problema, o Pastie não ajuda em nada! :)
A resposta foi sugerida por SirCharlo. Olhando através do código, descobri que o Pastie usa um arquivo de histórico da área de transferência em XML, o código para isso está no arquivo Pastie principal e no protector.py.
Executando um find no meu diretório home, descobri que o Pastie armazena esse arquivo de histórico em ~/.local/share/pastie
, chamado clipboard_history.
Basicamente, algo que foi copiado no passado tinha um caracter que o Python não gostava ou não escapava direito pelo código do software. Então estava sufocando nessa linha de XML no arquivo de histórico.
Então, basta ir para o diretório e apagar o arquivo completamente e reiniciar o pastie, funciona como um encanto. Se você está usando uma versão antiga do Pastie, o arquivo está localizado em ~/.clipboard_history