Funciona, embora a experiência seja um pouco diferente do iTunes.
Este site lista os aplicativos que permitirão que você copie músicas e gerencie as músicas do seu iPod.
Especificamente, o iPod até 5g é suportado pelo libgpod . O iPod nano 6g não é suportado e é supostamente difícil de suportar com qualquer outra coisa que não seja o iTunes.
Se você ainda não tem o Ubuntu, sinta-se à vontade para fazer o download e experimentá-lo em um dispositivo USB ou em um LiveCD para que você possa ver como é.