Como você disse, você quer remover e, eventualmente, reinstalar (se eu entendi corretamente sua pergunta), eu diria, não há problema em fazê-lo.
Observe também que lubuntu-desktop , lubuntu-core é um metapackge que na verdade não instala nada (esses pacotes são usados para extrair outros pacotes) e lubuntu-default-settings é usado para definir as configurações padrão de Lubuntu, como plano de fundo padrão, tema, tema de ícones, atalhos de teclado e outros.
Você disse que, quando quisesse remover pcmanfm , a synaptic disse que também removeria lubuntu-desktop , lubuntu-core , lubuntu-default-settings , lxde e lxde-core . Isso é normal já que o pacote pcmanfm é uma dependência (você pode dizer pacote obrigatório) para esses pacotes e quando você tentou removê-lo, não há razão para manter esses pacotes. (Porque esses pacotes não seriam instalados sem o pcmanfm).
Se você realmente quisesse reinstalar o pcmanfm e tivesse outro DE como Xfce ou KDE ou Unity (GNOME), recomendo que mude para o DE e execute este comando em um terminal para remover e reinstalar os pacotes.
sudo apt-get --purge remove pcmanfm
Isto irá remover o pcmanfm, aqueles outros cinco pacotes com todos os seus arquivos de configuração. Agora use este comando para reinstalar tudo
sudo apt-get install lubuntu-desktop lubuntu-default-settings lxde
Observe que este comando não disse explicitamente para instalar pcmanfm , mas esse pacote será instalado como um pacote de dependência de lubuntu-core , que será instalado como uma dependência de lubuntu-desktop .
Se você não tiver outro DE instalado, basta mudar para um dos console virtuais pressionando Ctrl + Alt + F1 e executar os comandos. Para retornar à sessão gráfica, pressione Ctrl + Alt + F7 .
Isso deve ajudá-lo a reinstalar o pcmanfm.