Você parece estar preocupado com os invasores que ignoram completamente o sistema operacional e acessam diretamente os arquivos no seu disco rígido (inicializando um sistema operacional diferente, como uma imagem de recuperação ou CD ao vivo, ou qualquer outra coisa, na verdade).
É evidente que a única coisa que vai ajudá-lo é criptografar todos os seus sistemas de arquivos e sua troca. Você terá que digitar uma frase secreta no console no momento da inicialização. Sem a passphrase, o sistema de arquivos pode ser destruído, mas não acessado.
Ainda assim, você deve estar ciente de que, se o atacante tiver acesso físico, ainda há algumas coisas que eles poderiam fazer (ou já podem ter feito), como instalar um keylogger.