Sim. Um "reparo" do Windows irá quebrar o Ubuntu o bootloader (grub), substituindo-o com o próprio Windows. O XP é completamente alheio aos sistemas operacionais Linux e não oferecerá uma opção de inicialização dupla.
Isso não é o fim do mundo, porque você pode reinstalar o GRUB apenas depois de consertar o XP e, para isso, você tem várias opções descritas na íntegra pelo Wiki do Ubuntu:
O elemento chave é que você está preparado para isso. Grave e teste um Live CD do Ubuntu ou Live USB stick antes de partir para que quando você estiver usando o Windows, seja apenas um caso de entrar no ambiente Live e disparar alguns comandos para consertar tudo.