Eu descobri qual era o meu problema. Os tablets Intuos2 wacom têm uma parte alocada da área do tablet destinada a botões personalizados que funcionam com a caneta. No windows, eles são configurados para serem vistos. No Ubuntu, a seção é incluída como parte da área e isso distorce o mapeamento. Para consertá-lo, tive que configurar minha área xsetwacom "nome do dispositivo" 0 0 30480 24060 para a Área 0 1400 30480 24060
Eu ainda gostaria de saber como tornar as mudanças permanentes, tudo que posso fazer agora é fazer um script de inicialização que faça isso, mas não funciona muito bem.