Eu recomendaria ter pelo menos 4 partições primárias para um computador de inicialização dupla: 1º para o sistema operacional Windows; 2º para o sistema de arquivos do Ubuntu (mais uma partição lógica para servir como swap); um terceiro como uma partição de dados compartilhada no NTFS para atender ambos os sistemas operacionais - vital para a segurança dos dados e para não ter redundâncias com meus programas que sincronizam grandes quantidades de dados localmente (Zotero, Dropbox, etc); e 4º como pasta / home / para o Ubuntu.
No entanto, você pode ter descoberto que o Windows usa mais de uma partição primária (ele engoliu 3 no meu caso e eu consegui reduzi-lo para apenas 2), o que significa que você pode ter que configurar a partição / home / como uma partição lógica sob a partição do Ubuntu. Ao fazer futuras re-instalações do Ubuntu, apenas certifique-se de não apagar a partição lógica para casa, e lembre-se de montá-la como / home. Isso pode ser feito durante o estágio 'fazer alguma coisa' da instalação do Ubuntu quando você especificar em quais partições instalar o Ubuntu e os pontos de montagem.