Você não pode definir um fator de escala geral. Você pode, no entanto, tornar a fonte menor para títulos de janela, e isso deve tornar a barra de título menor. Você também pode criar ou usar um tema diferente de gerenciador de janelas com barras menores ou sem título.
Para alterar a fonte das barras de título, você pode fazer isso em um terminal:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences titlebar-font "Font Name 10"
Apenas substitua o "Nome da fonte 10" pelo nome e pelo tamanho da fonte que você deseja usar. Para manter a fonte do Ubuntu e torná-la menor, você pode querer experimentar o "Ubuntu 8", por exemplo. Além disso, geralmente é uma boa ideia aumentar o tamanho das fontes em múltiplos de 2 (6, 8, 10, 12), pois eles são dimensionados de maneira mais uniforme.