Se tudo o que você quer fazer é permitir manipulações de arquivos como root, mas evitando a linha de comando, você pode iniciar o nautilus como root. Alt + F2 seguido de gksudo nautilus
solicitará uma senha e, em seguida, iniciará o gerenciador de arquivos.
Você pode criar um lançador para isso (disclaimer: Eu não tentei os métodos nessa página).