Quando tentei refazer o que você fez, consegui dois novos arquivos da área de trabalho em:
~/.local/share/applications/alacarte-made.desktop
~/.local/share/applications/alacarte-made-1.desktop
Como eles são de nível superior, eles não têm nenhuma categoria, parece.
A Alacarte toma o padrão do sistema de /usr/share/applications
e adiciona de ~/.local/share/applications
.
Reparar ou excluir arquivos da área de trabalho instalados não é uma abordagem louvável para um sistema multiusuário, portanto, cada usuário só pode modificar sua própria visão do que está instalado.
Caso você tenha configurado mal sua visão, há um bom botão Reverter ao lado de Fechar .