Clicar com o botão direito do mouse no título da janela e selecionar "Manter abaixo dos outros" no menu suspenso resolve seu problema? Eu não tenho acesso a um ambiente Unity no momento, mas, como eu lembro, a opção sempre existia.
ATUALIZAÇÃO: Ok, depois de algumas verificações eu descobri que a opção está presente no KDE, XFCE e LXDE (Kubuntu, Xubuntu e Lubuntu, respectivamente), mas está desabilitada / ocultada no Gnome, mesmo em versões mais antigas.
Além disso, parece que o GTK tem a funcionalidade necessária, por isso é apenas uma questão de preferência dos desenvolvedores do Gnome em não expor configurações "desnecessárias" ou raramente usadas ("configurações matar gatinhos", como dizem). Pode haver ou não uma chave oculta em algum lugar que permita o item de menu.
UPDATE 2: Eu proporia que você escrevesse um pequeno programa que encontre uma janela usando, digamos, gtk_get_window_at_pointer Chamada de API e define como "sempre na parte inferior" com gdk_window_set_keep_below chamada da API (caso você não se importe com alguma programação), mas parece que tudo já foi escrito para nós: um programa chamado Devil's Pie (e também GDevilsPie) que estão disponíveis nos repositórios do Ubuntu. O programa permite escrever algumas regras que combinam janelas abertas e executar algumas ações nelas (mover para um espaço de trabalho específico, maximizar, minimizar, etc.)
Veja a documentação
Aqui está um artigo discutindo especificamente como implementar a funcionalidade "abaixo dos outros" usando a Devil's Pie ou outro programa chamado wmctrl
Para impedir a corrupção de links:
Como exemplo, o primeiro snippet abaixo alternará a tela inteira estado de qualquer janela selecionada com o mouse. O segundo exemplo faz quase exatamente o que queremos, ele alterna o sempre ligado estado inferior da janela ativa.
wmctrl -r :SELECT: -b toggle,fullscreen wmctrl -r :ACTIVE: -b toggle,below
