A pasta inicial do usuário é para documentos do usuário, todo o software instalado em uma distribuição Linux típica entra em / usr e está disponível para todos os usuários.
Se você precisar instalar algum programa na pasta home do usuário (digamos, para torná-lo disponível apenas para esse usuário), o mais direto seria baixar um tarball de origem e compilá-lo com um prefixo personalizado:
./configure --prefix=/home/jack/myprogram
make
make install
é claro, os comandos reais para compilar dependerão do software que você está instalando.
No entanto, tenho a sensação de que seu desejo de instalar programas em sua pasta pessoal é guiado por algum mal-entendido. Esta não é uma maneira recomendada ou normal de instalar o software.