Você precisa executar o editor com sudo
, porque os arquivos de configuração do site não podem ser modificados pelos usuários.
Por exemplo:
$ ls -l /etc/apache2/sites-available/default
-rw-r--r-- 1 root root 950 2011-06-07 14:56 default
Você deve tentar seguir o Guia do Servidor Ubuntu oficial. É um artigo muito conciso e claramente escrito sobre o que você gostaria de obter.