Outra maneira de conseguir o mesmo, e um que é muito mais seguro. Do terminal, corra
sudo visudo
No final do arquivo, adicione a seguinte linha:
username ALL = (ALL) NOPASSWD: /usr/bin/nautilus
Substitua username
pelo nome do usuário que tem permissão para executar o nautilus como root sem senha (seu nome de usuário, eu acho).
De agora em diante, o gksudo não exigirá uma senha quando você executar
gksudo nautilus