O Ubuntu pode ser facilmente atualizado sem perder dados. Como o Ubuntu sabe onde cada aplicativo reside (graças a apt ), não há necessidade de um diretório separado para aplicativos.
Você ficará bem com um diretório /home separado, caso deseje limpar sua partição raiz ou clonar seu diretório pessoal. Todas as configurações e documentos do usuário são armazenados em /home .