gconf está obsoleto, portanto, para um novo projeto, não o usaria. dconf é um back-end para armazenar as configurações, como um desenvolvedor de aplicativos você normalmente não precisa se preocupar com isso.
O que você parece precisar é de gsettings , uma API de alto nível ( documentação da API para C ) para armazenar / recuperar configurações sem se preocupar como / onde elas são realmente armazenadas. gsettings é parte de gio , que é um dos pacotes principais do gnome (como glib e gobject ). Esta postagem no blog oferece uma breve introdução sobre como usá-lo com o Python.
Se você não quiser nenhuma dependência em gio (por exemplo, você não está desenvolvendo uma aplicação GNOME) e quiser armazenar arquivos de configuração simples, sugiro usar o diretório $HOME/.config (ou qualquer diretório definido por $XDG_CONFIG_DIRS ) em vez de $HOME/.your_appname , de acordo com a especificação do freedesktop .